《指引》要求，按照完整的生态循环农业链条进行项目设计，项目建设原则上须包括畜禽养殖废弃物资源化利用、农副资源综合开发、标准化清洁化生产等三部分内容，同时兼顾资源利用的多样化和废弃物处理的不同方式。

在具体项目设计时，项目单位可根据区域和自身条件，在完整设计的项目建设内容中，围绕关键环节、关键措施、关键技术，进行菜单式选择和搭配。

就投入规模而言，《指引》明确提出，单个项目中央财政资金投入控制在1000万元左右（地方财政资金投入比例高的省份可适当降低中央财政资金投入规模，全部财政资金投入控制在1500万元左右）。